Die Blindenfußballmannschaft des FC St. Pauli war im Jahre 2006 die erste Blindenfußballmannschaft in Deutschland. Mittlerweile gibt es mehr als zwhn Orte in ganz Deutschland, an denen Blindenfußball gespielt wird.

Blindenfußball ist genauso rasant und spannend wie das Spiel nicht Sehbehinderter. Gespielt wird 5er-Fußball (Football 5 a side). Mannschaften von je vier Spielern und einem Torwart agieren nach den Regeln der International Blind Sports Federation (IBSA), die sich an die Regeln der FIFA anlehnen. Bei IBSA-Meisterschaften beträgt die Spieldauer 50 Minuten auf einem etwa 20x40 m großen Spielfeld. Die Außenlinien an den langen Seiten des Spielfeldes werden durch eine ca. einen Meter hohe Bande gebildet, welche mit in das Spiel einbezogen werden kann. Durch die Begrenzung des Spielfeldes durch eine Bande bleibt der Ball länger im Spiel und gleichzeitig dient diese den blinden Spielern auch zur Orientierung, da man die Bande auf Grund des Schalls, der von ihr reflektiert wird, recht gut hören kann. Die Tore haben die Größe von Handballtoren. Die Spieler im Feld sind blind. Die Torwarte hingegen sind als einzige nicht blind. Sie und die mannschaftseigenen Guides, die jeweils hinter dem gegnerischen Tor und zusätzlich auf Höhe der Mittellinie positioniert sind, helfen mit Zurufen ihren Spielern. Der Ball der blinden Fußballer ist im Inneren mit Rasseln versehen und ist auf diese Weise "hörbar". Gespielt wird überwiegend auf Kunstrasen.

Das Team besteht aus zwanzig aktiven Mitgliedern. Von den insgesamt elf Feldspielern sind drei weiblich, und von den übrigen acht Feldspielern sind derzeitig drei Spieler im Kader der Deutschen Blindenfußball-Nationalmannschaft. Bei den weiteren neun Mitgliedern handelt es sich um vollsehende Menschen, von denen vier Personen als Torhüter im Team aktiv sind, zwei als Trainer/Guide, einer als Trainer/Guide/Torwart und einer als Torwart/Trainer im Team engagiert. Ein weiterer Guide ist außerdem noch als Schiedsrichter in der Deutschen Blindenfußball-Bundesliga tätig.

Aufgrund der steigenden Anzahl von aktiven Spieler/Innen und Torwarten, werden derzeitig zwei Trainingstermine in der Woche angeboten, um den Spieler/Innen, die schon länger im Blindenfußball aktiv sind die Gelegenheit zu bieten, sich gezielt zu verbessern, ohne den Neulingen Trainingszeit wegzunehmen. Dies geschieht mit dem Ziel, die Anfänger im Blindenfußball schnellstmöglich fit für die Bundesliga zu machen.

Seit dem Jahr 2008 gibt es die Deutsche Blindenfußball-Bundesliga (DBFL), an der das Team auch im Jahr 2009 wieder teilnimmt.
Daneben gibt es einige Freundschaftsturniere, sowie einzelne Freundschaftsspiele zur Vorbereitung der Liga, sowie des, auf St. Pauli jährlich stattfindenden St. Pauli-Masters “Keep Your Mind Wide Open". Ferner gibt es, ein ebenfalls jährlich am Pfingstsamstag, in Neumünster stattfindendes Breitensport/Blindenfußballturnier (Lichtkick), das vom dortigen LIONS-Club, zusammen mit dem Team des FC St. Pauli ausgerichtet wird, um den Blindenfußball zu fördern, und um die Initiative (Lichblick) der LIONS zu unterstützen.

Ziel des Blindenfußballteams des FC St. Pauli ist es, so viele Menschen, wie möglich, für das aktive Teilnehmen am Blindenfußball zu gewinnen. So wollen wir uns stehtig verbessern und durch die Teilnahme an möglichst vielen Turnieren z.B. in der DBFL den letzten Platz aus der ersten Saison, zu einem Platz im vorderen Drittel der Tabelle zu machen.
Zusätzlich wollen wir es schaffen, immer mindestens einen unserer Spieler im Kader der Nationalmannschaft zu etablieren, um dessen internationale Erfahrung zu nutzen, um auch national auf Dauer nicht nur das größte, sondern auch eines der stärksten Teams zu sein.